Bei einer Negativkontrolle werden alle Bäume einzeln kontrolliert und bewertet. Nur die Bäume, die eine Maßnahme erfordern, werden in einem Protokoll erfasst und markiert oder in einem Plan eingezeichnet. Das Protokoll beinhaltet analog zum Baumkataster alle relevanten Baumdaten, die Schäden und die erforderlichen Maßnahmen. Die Negativkontrolle bietet sich für kleinere Liegenschaften bis zu 30 Bäumen sowie für flächige oder waldartige Bestände an.